Фамилия Манусис — редкая и нетипичная для русского быта, её происхождение почти наверняка лежит за пределами восточнославянской традиции. Если вглядеться в окончание -ис, сразу становится ясно: это не русская, не украинская и не белорусская фамилия. В славянских языках нет продуктивной модели фамилий на -ис, а вот в греческом, румынском и литовском такой суффикс встречается сплошь и рядом. Скорее всего, перед нами фамилия греческого или балканского происхождения.

Основа «Манус» или «Ману» — это сокращённая форма от имени Мануил (греческий вариант библейского Иммануил, означающего «с нами Бог»). В греческом языке фамилии на -ис часто образуются от личных имён: Мануил → Манусис (чей-то сын или потомок). Такой тип фамилий характерен для Греции, а также для греческих диаспор, живших на территории Османской империи, включая исторические греческие общины Причерноморья, Крыма и юга Украины. Не исключено, что носители фамилии Манусис могли оказаться в России в результате переселения греков в XVIII–XIX веках.

Менее вероятная, но возможная версия — литовские корни. В литовском языке есть фамилии с окончанием -is (например, Мажулис, Паулаускас), и основа «Манус» могла бы быть вариантом имени Манус (литовская форма от Эммануил). Однако в литовской ономастике фамилия Манусис не зафиксирована как распространённая, что делает греческую гипотезу более убедительной.

Социального статуса первых носителей мы не знаем, но греческие фамилии на -ис могли принадлежать как торговцам и ремесленникам, так и священникам — имя Мануил часто давали при крещении. В любом случае, фамилия Манусис — это не прозвище по ремеслу или внешности, а чисто патронимическая, от имени предка. В России она остаётся крайне редкой и, скорее всего, указывает на греческие или понтийские корни семьи.