Фамилия Манутов — одна из тех, что хранит в себе старинное календарное имя, но с неожиданным поворотом. В основе лежит крестильное имя Мануил (от древнееврейского «Эммануил» — с нами Бог). В народном произношении его часто упрощали: Мануил превращался в Мануйлу, а затем и в Мануту — через типичную для русских говоров замену «л» на «т» и стяжение. Так что Манутов — это буквально «сын Мануты», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно-пренебрежительно Манута.

Модель образования проста и распространена: суффикс -ов указывает на принадлежность (чей? — Манутов). Это типичная патронимическая фамилия, каких большинство в русском ономастиконе. Интересно, что полная церковная форма имени — Мануил — в фамилиях встречается реже, чем её производные. Сравните: Мануйлов, Манухин, Манушкин — все они восходят к тому же корню, но Манутов выделяется фонетическим сдвигом.

Версия о связи с румынским или молдавским именем Ману (от Мануил) маловероятна: суффикс -ов — стопроцентно русский или украинский, а не румынский. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что говорит о её спорадическом возникновении в разных местах. Сословного барьера не было: Манутовыми могли стать и крестьяне, и мещане, и священники — лишь бы в роду был человек с таким прозвищем.

В словаре Веселовского «Ономастикон» фамилия не зафиксирована, что неудивительно: она довольно редкая. В дореволюционных переписях попадаются единичные Манутовы, например, в Вологодской и Костромской губерниях. Сегодня носителей мало, но каждый из них хранит в фамилии память о том, как когда-то его предка окликали по-свойски: Манута.