Фамилия Маптынов — редкая и неочевидная. Если отбросить суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Маптына), получаем основу «Маптын». Прямого крестильного имени Маптын в православных святцах нет, поэтому искать корень стоит либо в прозвище, либо в искажённой форме другого имени.

Самая вероятная версия — фонетическое преобразование. В русских говорах, особенно в северных и сибирских, звук «п» мог заменять «ф» в заимствованных именах. Имя Мартын (от латинского Martinus — «марсов», посвящённый богу войны) в просторечии давало формы Мартын, Мартя, а при глухости согласного или под влиянием местного произношения — Маптын. Сравните: в диалектах встречаются фамилии Маптынов наравне с Мартыновыми, особенно в Архангельской и Вологодской губерниях. Тогда предок носителя — человек по имени Мартын, которого в документах или в быту записали на слух.

Вторая, менее распространённая гипотеза — происхождение от тюркского или финно-угорского корня. В коми-пермяцком языке «маптыны» означает «мять, месить» (например, тесто или глину). В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище работника — месильщика или гончара. Однако суффикс -ов, типичный для русских фамилий, а не для коми (у них чаще -ев или -ыв), делает эту версию менее убедительной. Скорее всего, это случайное совпадение звучания.

Фамилия Маптынов — пример того, как живая речь «переделывает» имя под свою фонетику. Её носители, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников из северных регионов России, где такие диалектные замены были обычны. В дворянских родословных книгах фамилия не встречается.