Фамилия Мапыгин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает отчества на «-ин», образованные от имени или прозвища, оканчивающегося на -а, -я. Однако основа «Мапыг» в современном русском языке не встречается, и её значение приходится восстанавливать через диалекты и исторические профессии.

Скорее всего, в основе фамилии лежит диалектное слово «мапыга» или «мапыжник». В некоторых северных и сибирских говорах так называли неуклюжего, медлительного человека, увальня. Прозвище Мапыга могли дать нерасторопному или тяжелому на подъем крестьянину. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Мапыгин — «сын Мапыги» или «из семьи Мапыги». Таким образом, прозвище отца стало фамилией потомков.

Вторая, менее вероятная версия — связь с промыслом. В архангельских говорах «мапа» означало «рыболовная сеть», а «мапыжить» — «ловить рыбу сетью». Тогда Мапыгин мог быть сыном рыбака, но эта гипотеза слабее: суффиксальная модель «-ыг-» для обозначения орудия труда нехарактерна, и слово «мапыга» в значении «сеть» не зафиксировано в авторитетных диалектных словарях.

Географически фамилия Мапыгин привязана к северу России — Вологодской, Архангельской областям, а также к Вятке. В этих краях фамилии с основой на «-ыг» встречаются чаще, чем в центральных регионах. В переписях XIX века Мапыгины числились в основном среди государственных крестьян, реже — среди мещан.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна: суффикс «-ыг» в русских фамилиях редок (сравните Барыгин, Калыгин, Курыгин), и Мапыгин стоит в этом ряду как пример чисто прозвищного происхождения, без связи с церковным или календарным именем.