Фамилия Маныгин образована от прозвища или нецерковного имени Маныга. В русских говорах слово «маныга» имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них легло в основу фамилии, стоит присмотреться к географии её бытования. Наиболее плотно Маныгины расселены в Поволжье и на Урале — в Пермском крае, Кировской области, Удмуртии. Именно в этих местах «маныгой» называли ленивого, медлительного или капризного человека (от глагола «манить» — мешкать, тянуть). Прозвище могло закрепиться за нерасторопным работником или, наоборот, за человеком, который любил «тянуть время», капризничать.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает основу с диалектным «маныга» в значении «обманщик, плут» (от «манить» — обманывать, вводить в заблуждение). Однако в ономастике принято опираться на частотность: для крестьянской среды Поволжья прозвище по характеру более типично, чем по мошенничеству. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Маныги, то есть потомок человека с таким прозвищем.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: основа Маныг- плюс патронимический суффикс -ин. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, но сама основа редкая. В отличие от фамилий Манин или Манылов, где корень восходит к имени Мануил или к глаголу «манить» в общем смысле, Маныгин сохранила именно диалектную огласовку с твёрдым -г-.

В писцовых книгах XVI–XVII веков фамилия не встречается — это говорит о её позднем оформлении, скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда прозвища окончательно закреплялись за крестьянскими родами после введения подушной переписи. Среди известных носителей нет громких исторических фигур, что типично для фамилии, вышедшей из простонародной среды.