Фамилия Маныкин образована от прозвища Маныка по русской модели на -ин, указывающей на принадлежность («чей?» — «сын Маныки»). В центре внимания — само прозвище, и у него есть как минимум три версии происхождения.

Самая конкретная версия связывает прозвище Маныка со словом «маника». Так называли деревянную планку, прикреплённую к лежню стригальных ножниц. Если это так, то прозвище носило профессиональный характер: Маныкой могли прозвать стригаля овец — человека, который работал именно с таким инструментом. Версия правдоподобна, поскольку прозвища по орудиям труда или характерным действиям в русской среде обычны.

Другую версию даёт глагол «манить». В диалектах и старом языке у него были не только прямые значения (звать, привлекать), но и переносные: обманывать, вводить в заблуждение. Соответственно, Маныкой могли назвать плута или мошенника — того, кто «манит» обещаниями, но обманывает. Это тоже логичная модель: прозвища по отрицательным чертам характера давали часто.

Третья версия выводит прозвище из тюркских языков, в частности из казахского «маны» — «окрестность». В таком случае Маныка мог быть человеком, пришедшим из какой-то местности или жившим на окраине. Тюркское влияние на русские прозвища и фамилии особенно заметно в южных и восточных регионах, где было активное соседство с кочевыми народами. При этом версия менее конкретна: прозвища по географическому признаку обычно образуются от названий рек, гор, селений, а не от нарицательного «окрестность».

Из трёх вариантов профессиональный (стригаль овец) выглядит наиболее предметным, хотя и остальные имеют право на существование. В любом случае фамилия Маныкин — это типичная русская «патронимическая» фамилия, которая просто и прямо отвечает на вопрос, чей ты потомок: Маныкин значит «сын (или внук) Маныки».