Фамилия Мадыкин звучит необычно для русского уха, и её происхождение, скорее всего, связано не с русским, а с финно-угорским миром. Главная версия ведет нас в село Мадыка (или Мадык), которое находится на границе с Удмуртией. Прозвище Мадыка мог получить выходец из этого села — по названию места, откуда человек родом. Само название села, по одной из гипотез, восходит к мордовскому слову «мода», что означает «земля». Таким образом, корень фамилии — топонимический, то есть образованный от географического названия.

Менее убедительна версия о кавказском следе. Согласно ей, фамилия происходит от адыгейского имени Мадыка, которое переводится как «отборный, лучший». Эта гипотеза слабее, потому что не подкреплена географией распространения фамилии: Мадыкины чаще встречаются в Поволжье и Приуралье, чем на Кавказе. Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Мадык- добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин. В русской традиции суффикс -ин указывает на принадлежность к кому-то (чьих будешь?): Мадыкин — значит «сын Мадыки» или «человек из рода Мадыки».

В итоге, большинство носителей этой фамилии, скорее всего, ведут свою родословную от жителя марийского или удмуртского края, которого прозвали по названию родной деревни. Со временем это прозвище закрепилось за его потомками как родовое имя.