Фамилия Мадыкин предположительно образована от прозвища Мадыка, которое, возможно, получил выходец из марийского села Мадыка (Мадык), расположенного неподалёку от Удмуртии. Название Мадыка (Мадык), по одной из версий, ведёт начало от мордовского нарицательного «мода», что значит «земля». Менее вероятно, что фамилия Мадыкин имеет кавказское происхождение и образована от адыгейского имени Мадыка, которое означает «отборный, лучший». Так и прозвище Мадыка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Мадыкин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мадыка, со временем получил фамилию Мадыкин.