Фамилия Муныкин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ин (указывает на принадлежность: «чей?» — Муныкин, то есть сын или потомок Муныки) и присмотреться к основе «Мунык-». В русских фамилиях такая основа почти не встречается, что сразу наводит на мысль о заимствованном или диалектном слове.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «мунык» или «муныҡ» означает «ожерелье», «бусы», «амулет». Это могло быть прозвищем человека, который торговал украшениями, носил заметное ожерелье или же получил имя-оберег. В доисламской и раннемусульманской традиции у тюркских народов существовали имена-пожелания, связанные с предметами-талисманами. Фамилия Муныкин могла возникнуть при крещении или переходе в православие, когда тюркское прозвище Мунык русифицировали с помощью патронимического суффикса -ин.

Вторая, менее распространённая гипотеза — связь с русским диалектным словом «муныкать» (бормотать, говорить невнятно). В некоторых говорах так называли человека с неразборчивой речью. Однако эта версия слабее: во-первых, глагол редкий и локальный, во-вторых, от него логичнее была бы фамилия Муныкин (от «муныка» — тот, кто муныкает), но слово «муныка» в значении «бормотун» почти не фиксируется в исторических источниках.

Географически фамилия Муныкин распространена в Поволжье и на Урале — в зоне активных русско-тюркских контактов. Встречается она и у русских, и у крещёных татар, что подтверждает версию о тюркской основе. Сословного барьера у фамилии не было: Муныкины могли быть и крестьянами, и мещанами, и служилыми людьми. В ревизских сказках XIX века носители фамилии попадаются в Казанской, Вятской и Пермской губерниях.

С точки зрения словообразования фамилия простая: основа + суффикс -ин. Никаких двойных суффиксов или редких окончаний (вроде -их, -ских) здесь нет, что говорит о позднем оформлении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда массово закреплялись фамилии у крестьян и мещан. Сравните с однокоренными: Муныков (с суффиксом -ов) встречается ещё реже, что только подчёркивает локальный характер фамилии.

Итог: скорее всего, предок носителя фамилии Муныкин получил прозвище Мунык по тюркскому слову «ожерелье» или «амулет». Это мог быть ювелир, торговец или просто человек, носивший заметное украшение. Фамилия закрепилась в русской среде Поволжья и Приуралья, где подобные заимствования были обычным делом.