Фамилия Мунькин — редкий случай, где угадывается не географическая или профессиональная основа, а прозвищная, причем с ярким диалектным оттенком. Её ядро — корень «муньк-», который встречается в нескольких русских говорах. В архангельских и вологодских диалектах «муня» или «мунька» — это ласковое прозвище маленького ребенка или, реже, неряшливого, медлительного человека. Слово звучит как уменьшительное от «мундель» (ротозей, разиня), которое фиксируется в словаре Даля. Таким образом, Мунькин — буквально «сын или потомок того, кого звали Мунькой», то есть человека, получившего прозвище за детскую мягкость характера или, наоборот, за медлительность и нерасторопность.

Модель образования фамилии — типичная для северных и центральных областей России. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Мунькин. Если бы прозвище звучало как Мунька, то отчество-фамилия строилась бы по тому же принципу, что и Федькин, Петькин, Васькин. Интересно, что фамилия избежала «облагороженной» формы на «-ов» — она так и осталась в патронимическом виде, что говорит о её простонародном, крестьянском происхождении.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Мун, которое могло быть сокращением от редкого крестильного имени Мун (в святцах есть мученик Мун, но имя это никогда не было распространено на Руси). Однако прозвищная версия выглядит убедительнее: фамилия слишком «бытовая» по звучанию и строится по модели, типичной для уличных прозвищ, а не для канонических имён.

С географией у Мунькиных всё определеннее. Фамилия встречается в основном на Русском Севере — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Кировской области, куда переселенцы с Севера принесли свои прозвища. Это не московская и не петербургская фамилия, а локальная, сохранившаяся в местах, где диалектная лексика дольше держалась в обиходе. Встречаются также варианты написания Мункин, но это, скорее всего, описки или результат упрощения произношения.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, что только подтверждает её народное, недворянское происхождение. Мунькины — это потомки крестьян или посадских людей, получивших своё родовое имя от характерного прозвища, которое дали предку за его манеру поведения или внешность.