Фамилия Мунькина — это женская форма фамилии Мунькин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Мунька. Разбирать её стоит не с абстрактного корня, а с конкретного уменьшительного суффикса -к-, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на прозвищное, бытовое происхождение.

Основа «Мунь» — это звукоподражательная или сокращённая форма. Самая правдоподобная версия: Мунька — это ласкательное или пренебрежительное прозвище человека, который мычит, говорит невнятно, «му-му», как корова. В русских говорах слово «муня» могло означать вялого, медлительного или неразговорчивого человека. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «мунить» — мешкать, медлить. Таким образом, предок носительницы фамилии Мунькина мог получить прозвище за манеру речи или неторопливый характер.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Муньк- добавили суффикс -ин, означающий принадлежность («чей?» — Мунькин сын, Мунькина дочь). Суффикс -ин в этой фамилии не случаен: он типичен для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (Мунька → Мунькин). В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образовывались от полных крестильных имён, фамилии на -ин от прозвищ — более редкая и локальная группа, часто встречающаяся в северных и центральных регионах России.

Географически фамилия Мунькин (и Мунькина) распространена очень узко. По данным современных баз, основные очаги — это Поволжье (особенно Самарская и Ульяновская области) и некоторые районы Урала. Это подтверждает её прозвищное, а не искусственное происхождение: такие фамилии не «разлетались» по стране, а оставались в пределах одной местности.

Важно не путать эту фамилию с похожими на слух Мунтян (украинская, от «мунтянин» — житель гор) или Мунько (украинская, от имени Емельян). Мунькина — чисто русская фамилия, и её корень лежит в бытовом прозвище, а не в географическом названии или иностранном имени. Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским — прозвища такого типа редко давали людям из высших сословий.