Фамилия Манькина образована от имени Манька. Чаще всего Манька — это просторечная, уменьшительная форма мужского имени Мануил (церковная форма Иммануил). В переводе с древнееврейского оно означает «с нами Бог». Реже за основу берут женское имя Мария — «любимая, желанная», «госпожа». В обоих случаях фамилия указывает на то, что предка по мужской линии звали Манькой.

Суффикс -ин в фамилии Манькина — стандартный русский патронимический показатель. Он отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность потомку человека с именем или прозвищем Манька. Такая модель образования фамилий была распространена в среде крестьян и посадских людей: фамилию давали по имени отца, причём не по полному церковному, а по обиходному, домашнему.

Скорее всего, основатель рода Манькиных был человеком из простого сословия. В дворянской среде редко использовали фамилии на -ин от уменьшительных имён — там предпочитали полные формы и суффиксы -ов/-ев. А вот в среде крестьян, ремесленников и однодворцев фамилии вроде Манькина, Васькина, Петькина встречались регулярно.

В некоторых говорах имя Манька могло закрепиться как прозвище, а не только как производное от Мануила или Марии. Сравните с однокоренными фамилиями Мануйлов, Маньков, Маньшин — все они восходят к тому же корню, но через разные суффиксы. Фамилия Манькина — самая краткая и прямая из этого ряда.

Географически фамилия встречается по всей России, но чаще — в центральных и южных областях, где были распространены уменьшительные формы имён. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии числятся среди государственных крестьян и мещан.