Фамилия Маньковский — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько равноправных путей происхождения. Разберём их по порядку, от наиболее вероятного к менее очевидному.

Самая распространённая версия связывает фамилию с женским именем Мария. Имя это древнееврейское, означает «любимая, желанная; госпожа». В русском быту у него была просторечная форма — Маня, Манька. От неё и образовали фамилию по модели притяжательных прилагательных: чей? — Маньков, а затем, с помощью популярного суффикса -ский, — Маньковский. Потомок женщины по имени Манька со временем получал такую фамилию. В православной традиции имя Мария давали чаще не в честь Богородицы, а в честь святых Марии Египетской и Марии Магдалины, что тоже повлияло на распространённость производных форм.

Вторая версия отталкивается от мужского канонического имени Мануил (из древнееврейского «с нами Бог»). Его разговорные варианты — Манойло, Мануйло. Уменьшительная форма Маня могла относиться и к нему, и тогда фамилия означает «сын Мануила». Эта гипотеза менее правдоподобна, но полностью исключать её нельзя — в народной среде граница между мужскими и женскими основами для прозвищ часто стиралась.

Третий, совсем редкий вариант — происхождение от прозвища из диалектного слова «манный» (блажной, шальной, безумный). Такое прозвище могли дать человеку с необычным, взбалмошным характером. Но эта версия стоит особняком и не находит массового подтверждения.

Отдельного внимания заслуживает суффикс -ский. В русской ономастике фамилии на -ский традиционно связывают с географическими названиями. В XVI–XVII веках такую модель активно использовали княжеские и боярские роды, получавшие имена по названиям своих владений: Вяземский, Мосальский, Трубецкой. Однако массовое распространение суффикс -ский получил в Польше, где дворяне веками владели наследственными имениями. Оттуда мода на такие фамилии перешла в украинские и белорусские земли, а затем и в русскую среду. Поэтому Маньковский с равной вероятностью мог возникнуть и как «географическая» фамилия — от названия населённого пункта вроде Маньково или Маньковка, — и как патронимическая, от имени Маня.

Ударение в фамилии падает на предпоследний слог — Манько́вский. Это типично для польского образца и отличает её от исконно русских фамилий на -ский, где ударение чаще стоит на корне (Мо́сковский, Тве́рской). Такая особенность намекает на возможное западнорусское, украинское или белорусское происхождение рода.

Окончательно определить, от какого именно корня пошла фамилия в конкретной семье, можно только через генеалогическое исследование: запись в метрической книге, ревизской сказке или писцовом документе покажет, был ли предок Манькой-женщиной, Мануилом или жил в деревне Маньково.