Фамилия Маньковская — женская форма фамилии Маньковский, которая образована от просторечной формы канонического имени. Самая вероятная основа — женское имя Мария (от древнееврейского «любимая, желанная; госпожа»). В русском быту имя Мария часто сокращали до Маня, Манька — именно эта обиходная форма и легла в основу фамилии. Притяжательный суффикс -ск- указывает на принадлежность: Маньковский буквально означал «сын Маньки» или «человек из семьи Маньки». В имени Мария почитают сразу нескольких святых: Марию Египетскую, Марию Магдалину, но не Богородицу — в православии её редко дают в качестве личного имени. Существует и другая версия, менее убедительная: что основа фамилии восходит к мужскому имени Мануил (с древнееврейского «с нами Бог»). Однако в словообразовательной модели Маньковский скорее видна уменьшительная форма от женского имени, а не от мужского Мануил, от которого логичнее было бы ожидать фамилию Мануилов. Большинство дворянских фамилий с суффиксом -ский изначально были притяжательными прилагательными, указывающими на имя главы семьи. Со временем потомки женщины по имени Манька закрепили за собой фамилию Маньковские. Точное место и время возникновения рода можно установить только в ходе генеалогических исследований — процесс формирования фамилий был длительным и не всегда оставлял чёткие следы в документах.