Фамилия Манькович — типичный пример восточнославянской фамилии, образованной по патронимической модели. Суффикс -ович указывает на прямое родство: «сын человека по имени Манько». Такие фамилии были особенно распространены в западнорусских землях (территории современной Беларуси и Украины), где эта модель закрепилась раньше и прочнее, чем в Великороссии. Если бы предок жил севернее или восточнее, его потомки, скорее всего, стали бы Маньковыми.

Само имя Манько — это уменьшительная форма от крестильного имени Мануил (древнееврейское Иммануил, «с нами Бог»). В быту полные церковные имена часто сокращали до одного-двух слогов, отсюда и появились Данило (от Даниил), Васько (от Василий) и Манько (от Мануил). Человек, носивший такое имя, мог быть из любого сословия, но в документах XVI–XVII веков форма «Манько» чаще встречается среди крестьян и казаков, чем среди знати.

Существует и вторая, бытовая версия происхождения, которую не стоит сбрасывать со счетов. В говорах слово «манить» означало не только «обманывать посулами», но и «медлить, мешкать» или «дразнить». Прозвище Манько могли дать человеку нерасторопному, либо, напротив, хитрому и увёртливому. Однако эта версия менее вероятна: в ономастике действует правило «бритвы Оккама» — если есть готовое крестильное имя, от которого легко образуется форма, то именно его и берут за основу. Прозвищная версия обычно возникает, когда церковного аналога нет или он звучит натянуто.

Таким образом, большинство носителей фамилии Манькович — потомки человека по имени Мануил, которого в быту звали Манько. Географически фамилия тяготеет к западной части славянского мира: она встречается в Беларуси, на западе Украины и в Польше (в польской записи — Mańkowicz). В России она редка и, как правило, указывает на корни предков из этих регионов.