Основой фамилии Манькина послужило церковное имя Мануил. Имя Манька представляет собой производную форму имени Мануил (Иммануил), которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». Возможно также, что имя Манька является производной формой имени Мария. Оно в переводе с древнееврейского означает «любимая, желанная», «госпожа». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манька, со временем получил фамилию Манькина.