Фамилия Манькова образована от прозвища или имени Манько. Самая прямая версия связывает основу с глаголом «манить» — в старых говорах это слово означало не только «звать лестью, посулами», но и «дразнить», «обманывать», а также «медлить, мешкать». Прозвище Манько могли дать человеку с хитроватым, неспешным характером или тому, кто любил завлекать обещаниями. Суффикс -к- в прозвище типичен для украинской и южнорусской традиции (сравните: Шумейко, Нечайко), поэтому географически фамилия Маньковы чаще встречается на юге России и востоке Украины.

Есть и вторая версия: Манько — уменьшительная форма от крестильного имени Иммануил (с древнееврейского — «с нами Бог»). В этом случае фамилия указывает на происхождение из простого сословия, где полные церковные имена часто сокращали до обиходных форм (Иммануил → Мануил → Манько). Фамилия закрепилась по модели -ов/-ев: Манько → Маньков → Манькова, то есть «дочь (или жена) Манько». В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные варианты Маньков, Манькович, что подтверждает активное бытование этого имени-прозвища в среде служилых и крестьян.