Фамилия Мункин — редкий пример, где словообразовательная модель сразу указывает на географию. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно крепится к основе, оканчивающейся на -а или -я (Мина — Минин, Кузьма — Кузьмин). Но здесь основа «Мунк» — и это нехарактерно для великорусского ареала. Такая модель типична для фамилий, возникших на стыке с тюркскими или финно-угорскими языками, где суффикс -ин присоединяли к цельной иноязычной основе без её переоформления.

Самая вероятная версия — прозвище от тюркского слова «мунк» (варианты: «мунг», «мунку»), означающего «печаль», «тоска», «скорбь». В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) такие имена-прозвища давали не в обиду, а как оберег: считалось, что имя с «отрицательным» значением отводит от ребёнка злых духов. Человек по прозвищу Мунк (или Мунко) мог быть молчаливым, задумчивым — или, наоборот, его так прозвали иронично, за весёлый нрав.

Менее распространённая гипотеза — связь с немецкой фамилией Munk (Mönch — «монах»). В германских языках «Munk» — вариант написания для выходцев из Северной Германии или Прибалтики. Русский суффикс -ин мог добавиться при адаптации: Мунк → Мункин («сын Мунка»). Эта версия правдоподобна для семей, переселившихся в Россию из остзейских губерний или от немецких колонистов Поволжья.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основные очаги — Татарстан, Башкортостан и Оренбургская область, что подтверждает тюркскую версию происхождения. Встречаются единичные носители в Москве и Санкт-Петербурге, но это, скорее всего, результат поздней миграции.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мунков, Мункаев, Мункинский) показывает, что основа «Мунк» не дала массовых словообразовательных вариантов — это дополнительный аргумент в пользу локального, а не общерусского происхождения. Фамилия не попала в своды дворянских родов, и её носители, по всей видимости, относились к крестьянскому или мещанскому сословию.