Фамилия Мунинкин — редкий случай, когда корень слова почти наверняка не русский, а тюркский. Основа здесь — «муна», что в ряде тюркских языков означает «недостаток», «изъян», «порок». Человек, получивший прозвище Муна, мог быть тем, кого считали неполноценным по какой-то причине — физической, умственной или социальной. Впрочем, в диалектах это же слово могло означать и «пятно», «метку», то есть прозвище могло относиться к человеку с родимым пятном или шрамом.

Суффикс «-ин» в фамилии Мунинкин — двойной. Первый, «-ин», принадлежал отцу: сначала от прозвища Муна образовали отчество Мунин («сын Муны»). Затем к этому отчеству добавили ещё один суффикс «-кин» («сын Мунина»), что дало фамилию в значении «внук Муны». Такая модель с наращением суффиксов характерна для северных и центральных регионов России, особенно для Вятки и Поволжья, где тюркское влияние было сильным.

Встречается фамилия крайне редко. Основные очаги — Кировская область, Татарстан, Удмуртия. Это объяснимо: именно там в XVI–XVII веках активно смешивались русские и тюркские народы, и прозвища вроде Муна легко переходили в фамилии. Сословно носители Мунинкиных, скорее всего, относились к крестьянам или мещанам — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Ударение в фамилии, судя по живым носителям, чаще падает на второй слог: Муни́нкин. Хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый — Му́нинкин. Вариантов написания практически нет: фамилия настолько редкая, что не успела обрасти диалектными формами вроде Мунинкын или Мунинкен.

Единственная версия, которую стоит отмести сразу, — связь с русским словом «мунить» (обманывать, хитрить). В ономастике эта гипотеза слаба: глагол «мунить» — поздний и диалектный, тогда как тюркская основа «муна» фиксируется в прозвищах с XIV века. Так что предки Мунинкиных, скорее всего, были людьми с заметной внешностью или непростой судьбой, а фамилия просто закрепила это через поколения.