Фамилия Мурныкин образована от прозвища или имени Мурныка. Её основа — глагол «мурныкать», который в русских говорах означал «мурлыкать», «напевать вполголоса», «бормотать». В словаре Владимира Даля «мурныкать» — это тихо, неразборчиво петь или ворчать. Человек с таким прозвищем мог быть любителем напевать себе под нос, либо, наоборот, тем, кто постоянно недовольно бормотал. Интересно, что в некоторых диалектах слово «мурныка» также обозначало кота — за способность мурлыкать. Прозвище Мурныка могло закрепиться за спокойным, флегматичным человеком или за тем, кто работал в одиночку и часто разговаривал сам с собой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мурныкин буквально означает «сын Мурныки». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Фомин, Галкин, Кузьмин). Фамилия не относится к самым распространённым, но встречается в центральных и северных областях России, где диалектная лексика сохранялась дольше. В документах XVIII–XIX веков можно найти крестьян и мещан с этой фамилией в Вятской, Костромской и Пермской губерниях.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «мур» — «господин» или «князь». Однако для фамилии Мурныкин такое объяснение выглядит натянутым: суффикс -ин плохо сочетается с тюркскими основами, и в таком случае скорее появилась бы форма Муров или Муркин. Самое правдоподобное — что предок носителя фамилии был человеком с тихим голосом, любителем напевать, и прозвище закрепилось за ним в быту, а затем перешло к потомкам.