Фамилия Мурнина — русская, женская форма от Мурнин. Её основа — слово «мурной» или «мурный», которое в северных и сибирских говорах означало «грязный, замаранный, нечистый». В некоторых диалектах «мурной» — это ещё и «сварливый, угрюмый человек». Так что предок мог получить прозвище за неопрятность или, наоборот, за тяжёлый характер.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мурнин — «сын Мурны». В русской ономастике это стандартная модель притяжательных фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Мурна — так в старину могли называть человека с описанными выше качествами.

Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых регионах «мурной» — это «муравей», а прозвище Мурна могли дать за мелкое, суетливое поведение. Но эта гипотеза слабее: связь «мурной» с муравьём не повсеместна и фиксируется редко. Основной корень фамилии — диалектный, а не зоологический.

Географически фамилия Мурнина чаще встречается на Русском Севере и в Сибири — там, где говор «мурной» был в ходу. Вологодская, Архангельская области, Пермский край — вот её вероятная родина. В центральных и южных областях она редка, что подтверждает её диалектное происхождение.

Однокоренные фамилии — Мурнов, Мурновский, Мурнаев. Но Мурнин выделяется именно суффиксом -ин, который делает её более «личной», указывая на конкретного предка-Мурну. В XIX веке такие фамилии чаще встречались среди крестьян и мещан, чем среди дворянства, и Мурнина — не исключение.