Фамилия Мурныкова — женская форма мужской фамилии Мурныков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Мурнык. Основа здесь — глагол «мурныкать», который в русских говорах имел два основных значения. Первое, самое очевидное — издавать звуки, похожие на мурлыканье, напевать себе под нос. Второе, менее известное, но более вероятное для прозвища — говорить невнятно, бормотать, ворчать. Человек, которого в деревне прозвали Мурныком, мог быть неразговорчивым, себе на уме, либо, наоборот, постоянно что-то бурчащим под нос.

Суффикс -ов в фамилии Мурныков — классический патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Мурныка». Такая модель была самой распространённой в центральной России и на севере в XVI–XVII веках, когда фамилии только закреплялись за крестьянскими и посадскими родами. Примечательно, что корень «мур-» в русской ономастике встречается нечасто — есть фамилии Муромов, Мурзин, но Мурныков стоит особняком из-за суффикса -ык, который придаёт слову оттенок носителя признака (сравните: крик — крикун, но здесь иная модель).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России: Вологодская, Архангельская, Костромская губернии. В этих местах диалектное слово «мурныкать» было в ходу, и прозвище могло закрепиться за человеком, который, например, работал с домашним скотом (коровы «мурчат»), или за тем, кто имел привычку напевать во время работы. Сословно, скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или ремесленниками — фамилии на -ов у дворянства встречаются редко и обычно имеют книжное или географическое происхождение.

В написании фамилии возможна вариативность: Мурныков и Мурников (через «и») — в зависимости от местного произношения и записи в метрических книгах. Но исходный корень с «ы» более архаичен и точнее передаёт звучание прозвища. Сегодня фамилия редкая, и её носители — это, скорее всего, потомки тех самых северных крестьян, чьё прозвище, данное за манеру говорить или петь, пережило века.