Фамилия Маныкина происходит от мужского прозвища Маныка. Самая конкретная версия связывает его с профессией: «маника» — это деревянная планка на лежне стригальных ножниц. Значит, Маныкой могли прозвать стригаля овец, мастера, работавшего с шерстью. Это редкий пример фамилии, прямо указывающей на узкую ремесленную специальность, а не на общее занятие вроде кузнеца или плотника.

Есть и другие объяснения. По глаголу «манить» Маныкой называли плута или мошенника — человека, который заманивает обманом. А в казахском языке есть слово «маны» — «окрестность», что указывает на возможные тюркские корни: прозвище могли дать пришлому человеку или тому, кто жил на отшибе.

Из трёх версий самая убедительная — профессиональная. Она конкретна, опирается на реальный предмет (стригальные ножницы) и объясняет, почему прозвище вообще возникло. Версия с обманом возможна, но глагол «манить» чаще давал фамилии вроде Манилов, Манин. Тюркская гипотеза слабее: в русских говорах слово «маны» не закрепилось, а прозвище Маныка встречается в документах XVII века на русском Севере, где тюркское влияние было минимальным.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Манык- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Маныки). Такая модель типична для русских фамилий, возникших из прозвищ. Встречается она в основном в центральных и северных областях России, где стрижка овец была распространённым промыслом.