Фамилия Марахненко — характерный пример фамилии, образованной по украинской модели с суффиксом -енко. Это один из самых распространённых типов фамилий в Украине, особенно в её центральных и восточных регионах. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький», «сын», то есть Марахненко — это буквально «сын Марахны». Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Марахна».

Здесь мы вступаем в область прозвищ. Скорее всего, в основе лежит украинское слово «марахати» — пачкать, грязнить, или «мара» — нечистая сила, призрак, морок. В первом случае Марахной могли прозвать неряшливого человека, который постоянно ходит в грязной одежде. Во втором — человека с необычной, пугающей внешностью или того, кто любил рассказывать страшные истории. Есть и менее очевидная версия: связь с диалектным «мара» в значении «суета», «хлопоты» — тогда прозвище могло закрепиться за беспокойным, суетливым человеком.

С точки зрения географии, фамилия Марахненко наиболее плотно сосредоточена в исторических пределах Полтавской, Черниговской и Сумской областей. Это зона так называемой «Левобережной Украины», где суффикс -енко давал почти 60% всех фамилий. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые преобладали в северных великорусских землях, Марахненко — маркер казацкой среды и реестрового казачества XVII–XVIII веков. Носитель такой фамилии с высокой вероятностью был потомком казака или крестьянина из тех краёв.

В русском языке фамилия сохранила украинское окончание без изменений. Её не склоняют по падежам, если речь идёт о женщине (Анна Марахненко), и склоняют, если о мужчине (Ивана Марахненко, к Ивану Марахненко). Вариантов написания практически нет — «Марахненко» с двумя «а» и одной «х» является единственной устойчивой формой, зафиксированной в документах. Сравните с однокоренными фамилиями: Марахин (от той же основы, но с русским суффиксом -ин) или Мараховский (с польско-шляхетским суффиксом -овский). Все они указывают на одного и того же общего предка по прозвищу Мараха или Марахно.