Фамилия Маракуца — один из тех случаев, когда за привычным славянским звучанием может скрываться западноевропейская основа. Самая вероятная версия возводит её к чешскому имени Марак. Это не самостоятельное имя, а краткая форма от Мартин (лат. Martinus — «посвящённый Марсу», то есть «воинственный»). Если принять эту гипотезу, то Маракуца — это то, во что превратилось имя Марак на восточнославянской почве, обработанное уменьшительным или прозвищным суффиксом -уц(а).

Менее убедительна, но тоже возможна версия от глагола «мараковать». В русских говорах у этого слова два противоположных значения: «плохо понимать, с трудом соображать» и, наоборот, «уметь, мочь, быть сметливым». В первом случае прозвище Маракуца могли дать тугодуму или человеку с плохим слухом (отсюда же диалектное «марак» — «глухой»). Во втором — мастеру на все руки. Оба значения живые, но определить, какое именно легло в основу, без точных записей невозможно.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. Суффикс -уц(а) — редкий для русских фамилий, он более характерен для украинской и белорусской традиции (сравните: Кравчук, Гайдук). Маракуца — это не типичная «патронимическая» модель на -ов/-ин, а скорее застывшее прозвище в именительном падеже. Такие фамилии обычно указывают на то, что предок был известен под этим прозвищем лично, а не как «сын такого-то».

Географически фамилия встречается на западе Украины, в Молдове и среди украинских переселенцев в России. Это косвенно подтверждает и чешскую версию: контакты с чешским населением были активны на Западной Украине в XVII–XVIII веках. Впрочем, не исключено и местное, молдавское, происхождение: слово «маракуца» в молдавских говорах означает «глухой» или «упрямый».