Фамилия Маратаев — один из тех случаев, где за привычным русским окончанием стоит сложная история, уходящая корнями в тюркскую и арабо-мусульманскую культуру. Фамилия образована от имени Маратай, которое, в свою очередь, является уменьшительной или ласкательной формой от имени Марат. Буквально «маленький Марат» — такой суффикс (-ай) характерен для тюркских языков и часто придавал имени оттенок близости или молодости носителя.

С этимологией самого имени Марат есть две версии, и обе имеют под собой основания. Первая связывает его с арабским именем Мурат (от арабского «мурад» — цель, желание, намерение). В этом значении имя давали с пожеланием, чтобы человек был целеустремленным и добивался задуманного. Вторая версия — советская, по имени Жана-Поля Марата, деятеля Французской революции. Это имя стало популярным у татар в 30-е годы XX века, что могло дать новую волну фамилиям на -ев, образованным от него.

Фамилия Маратаев относится к распространенному типу восточных фамилий, ведущих начало от выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев. Корни её уходят в XV–XVII века, когда многие нерусские дворяне и служилые люди входили в состав российского государства, принося с собой имена и прозвища, которые затем оформлялись по русской модели суффиксом -ев. Таким образом, Маратаев — это не просто фамилия, а памятник восточной письменности и культуры, закрепившийся в русской ономастике.