Фамилия Маратаева происходит от мужского имени Маратай, которое можно перевести как «маленький Марат». Здесь работает тюркский уменьшительный суффикс -ай, характерный для личных имён в татарской и башкирской среде. Основа имени Марат — предмет спора ономастов. Самая убедительная версия связывает её с арабским Мурат, что значит «желанный», «цель», «намерение». Это распространённое мусульманское имя, и Марат — его диалектный или фонетический вариант, который со временем закрепился как самостоятельная форма.

Вторая гипотеза отсылает к советской эпохе. В 1930-е годы у татар действительно вошло в моду имя Марат в честь французского революционера Жана-Поля Марата. Однако в случае с фамилией Маратаева эта версия выглядит слабее: фамилии массово закреплялись раньше, в XIX — начале XX века, а имя Марат как «революционное» стали давать новорождённым уже после того, как фамильный суффикс -ев присоединился к основе Маратай. Скорее всего, перед нами старый антропоним, а не идеологический конструкт.

По модели образования фамилия типична для тюркоязычных народов Поволжья и Приуралья: имя (Маратай) плюс русский патронимический суффикс -ев. Так оформляли фамилии татар, башкир, мишарей при переходе к оседлому образу жизни и учёте в имперских переписях. Географически фамилия Маратаева встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбуржье — там, где имя Маратай было в ходу. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Марата́ева.

Точное время возникновения рода без генеалогического поиска установить сложно. Но можно уверенно сказать, что предок носителя этой фамилии носил прозвище или личное имя Маратай, а сама фамилия сформировалась не позднее второй половины XIX века, когда у татар и башкир завершился процесс закрепления фамилий.