Фамилия Марчанукова — женская форма, а её носительницы в прошлом почти наверняка были родом с Северного Кавказа, скорее всего из адыгской (черкесской) или абазинской среды. Мужской вариант — Марчануков. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать не столько русские суффиксы, сколько кавказскую основу.

Корень «Марчан» или «Маршан» — это устоявшееся адыгское и абазинское родовое имя (фамилия). В русскую документацию такие фамилии попадали через прибавление типичного для славян суффикса -ов/-ев, который указывал на принадлежность: «чей?» — Марчануков, то есть «сын (или потомок) Марчана». Ударение в русском языке чаще всего падает на второй слог: Марчáнукова.

Сама основа «Марчан» восходит к личному имени. Вероятнее всего, в его основе лежит адыгское или абазинское слово, связанное с понятием «воин», «всадник» или «джигит» (сравните с адыгским «маржэ» — наездник, удалец). Есть и другая, менее популярная версия: имя могло быть образовано от арабского «марджан» (коралл), но для горского региона первая версия выглядит исторически более правдоподобной — прозвище по воинской доблести давали часто.

Суффикс -ук- (-ку-) в середине фамилии — это характерный кавказский патронимический формант, который в русской записи превратился в часть основы. Он указывает на уменьшительную или сыновью форму: «Марчан» → «Марчанук» (буквально «маленький Марчан» или «сын Марчана»). Таким образом, Марчануков — это «внук» или «потомок того самого Марчана».

В русском быту фамилия закрепилась сравнительно поздно, в XIX — начале XX века, когда горцев начали массово записывать в метрики и ревизские сказки. Тогда же появилось и окончание -а, отличающее женщин от мужчин. Сейчас фамилия встречается в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии, Адыгее, а также среди потомков мухаджиров (черкесов, переселившихся в Турцию и на Ближний Восток), где она могла видоизмениться до Маршан или Марчаноглу.

Фамилия Марчанукова — не простая крестьянская, а родовая, указывающая на принадлежность к определённому клану или уоркскому (дворянскому) сословию, хотя точный социальный статус предков требует изучения конкретной родословной.