Фамилия Марчануков — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, которые можно встретить по всей стране, Марчануковы исторически концентрируются на Северном Кавказе, в первую очередь в Кабардино-Балкарии и Ставропольском крае. Этот факт сразу задаёт направление поиска: перед нами не столько русская, сколько обрусевшая фамилия, корни которой уходят в кавказскую языковую среду.

Основа «Марчан» с высокой вероятностью восходит к адыгскому (черкесскому) имени или прозвищу. В адыгских языках «маржан» (варианты — «марджан», «мерджан») означает «коралл». Это слово попало в языки народов Кавказа через тюркское посредничество, а в тюркские — из персидского. Имя Маржан (Марджан) как женское, так и мужское, встречается у черкесов, кабардинцев и балкарцев. Второй вариант — от кабардинского «марщан» (воин, боец). Оба значения дают понятную мотивацию для прозвища: либо «коралловый» (по цвету, красоте, драгоценности), либо «воинственный».

Суффикс -уков типичен для фамилий, образованных от основ на -уко, -уке, что характерно для адыгских фамилий, русифицированных при записи в метрики. Русское окончание -ов добавилось уже в документах Российской империи. Таким образом, Марчануков — это «сын Марчана» (или «из рода Марчана»), записанный по русской модели. Полная цепочка: личное имя Марчан (прозвище) → Марчанук (патроним в адыгской форме) → Марчануков (паспортная фамилия).

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает схему: Марчанов, Марчановский, Марчанук. Самая редкая из них — именно Марчануков, что указывает на конкретную, возможно, малочисленную фамильную ветвь. Встречается она и у русских переселенцев, живших по соседству с кавказскими народами, но в таких случаях это, скорее всего, результат межэтнических браков или усыновления.