Фамилия Мардахаев — одна из тех, что прямо отсылает к библейскому имени Мордехай (в ашкеназском произношении — Мардахай, в русской традиции часто Мардохей). Это имя носит персонаж Книги Есфири: Мордехай, двоюродный брат царицы Эсфири, спасший еврейский народ от истребления. В основе имени лежит аккадский корень, связанный с богом Мардуком, но в еврейской среде оно давно утратило языческую окраску и стало традиционным.

Фамилия образована по продуктивной модели: к имени Мардахай прибавили патронимический суффикс -ев, который в русскоязычной среде закрепился за фамилиями, указывающими на отца. Буквально Мардахаев — «сын Мардахая». Такая форма характерна для еврейских фамилий, сложившихся на территориях Российской империи в XIX веке, особенно в черте оседлости. В отличие от фамилий на -ович или -ский, суффикс -ев здесь не указывает на дворянское или казачье происхождение, а просто передаёт принадлежность к роду.

Интересно, что в славянской среде имя Мордехай почти не встречалось, поэтому фамилия Мардахаев однозначно указывает на еврейские корни. Встречаются варианты написания: Мардахаев, Мардохаев, реже — Мордахаев. Географически фамилия чаще всего фиксировалась в документах по Бессарабии, Подольской и Волынской губерниям, а также в городах, где существовали крупные еврейские общины.

Словообразовательная модель с суффиксом -ев при имени Мардахай — не единственная. Существуют однокоренные фамилии: Мардахай, Мардохин, Мордехаев, — но все они восходят к тому же источнику. Фамилия Мардахаев остаётся ярким примером того, как библейское имя через имя отца перешло в наследственное семейное прозвание и сохранилось до наших дней.