Фамилия Мардахаева — женская форма фамилии Мардахаев, а та, в свою очередь, образована от имени Мардахай (варианты — Мардохей, Мордехай). Это имя имеет древние корни и восходит к библейскому персонажу — Мардохею (Мордехаю), одному из героев книги Есфирь. Ветхозаветный Мордехай спас еврейский народ от истребления, и его имя стало широко известно в иудейской и христианской традициях. Значение имени неоднозначно: по одной версии, оно связано с аккадским словом «Мардук» (верховное божество Вавилона), по другой — с древнееврейским корнем, означающим «чистый, благоуханный».

В русской среде фамилия Мардахаев (и, соответственно, Мардахаева) — явный признак того, что предки носителя были выходцами из еврейских общин, где имя Мордехай было чрезвычайно популярно. Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе имени добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Мардахая»). Такое оформление характерно для фамилий, возникших в черте оседлости Российской империи, где еврейское население в конце XVIII — XIX веке массово получало фамилии по имени отца.

Географически фамилия Мардахаева встречается в регионах, где исторически проживали еврейские общины: на юге России, в Поволжье, на Северном Кавказе, а также в странах бывшего СССР. Встречаются варианты написания — Мардохаева, Мордахаева, что связано с колебаниями в передаче звука «о»/«а» в безударном положении и разными традициями произношения имени. Сама по себе фамилия редкая, и её носители — это, как правило, потомки людей, сохранивших память о библейском корне в своём роду. Никакого отношения к тюркским или кавказским языкам имя не имеет, несмотря на созвучие с некоторыми местными словами.