Фамилия Мардина — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие версии. Скорее всего, её основа — топоним Мардин, название древнего города на юго-востоке Турции, в исторической области Верхняя Месопотамия. В этом случае фамилия отвечает на вопрос «откуда человек?»: Мардина — это «та, что из Мардина», или «родом из Мардина». Такая модель образования (название города + окончание -а) типична для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где суффикс -ин указывает на принадлежность к месту или роду.

Мужской вариант этой фамилии будет звучать как Мардин, а женский — Мардина, что тоже говорит о её сравнительно позднем закреплении в документах, уже после того, как фамилии стали передаваться по женской линии. Искать корень в личном имени Марда (краткая форма от Мардарий или Мардон) можно, но это менее вероятно: такие имена в православных святцах встречаются редко и не дали массовых фамилий. А вот связь с тюркским словом «мардин» (мужественный, храбрый) — гипотеза слабая, поскольку для прозвища в русской среде это слово нехарактерно, а в тюркских языках фамилии на -ина не образуются.

География бытования фамилии сегодня — в основном юг России, Краснодарский край, Ростовская область, а также Украина. Это косвенно подтверждает версию о переселенцах: в XIX — начале XX века из турецкого Мардина в Российскую империю перебирались армяне, ассирийцы и греки, спасавшиеся от преследований. Они могли получить фамилию по месту исхода, и со временем она обрусела, потеряв окончание -ский или -ян. Таким образом, предки современных Мардиных — не обязательно дворяне или купцы, скорее всего, это были ремесленники или торговцы, осевшие в славянских губерниях и ассимилировавшиеся.

Есть и другой, более прозаичный вариант: фамилия могла возникнуть внутри России от прозвища Марда — так в некоторых говорах называли неряшливого, неопрятного человека (от диалектного «марда» — грязь, нечистоты). Но это значение явно негативное, и вряд ли оно стало бы основой для фамилии, если не было безобидного контекста. Учитывая, что фамилия редкая и не встречается в старых боярских или казачьих списках, версия с турецким топонимом выглядит убедительнее.