Фамилия Мардаханов — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя или прозвище, а целая история, записанная буквами. Её ядро — имя Мардаха (Мардахан), которое восходит к древнеиранскому (персидскому) словосочетанию мард-хан. «Мард» значит «мужчина», «человек», а «хан» — титул правителя или знатного господина. Таким образом, имя Мардахан можно перевести как «мужественный господин» или «властитель мужей». Это не прозвище ремесленника, а именование, которое давали ребёнку с пожеланием силы, достоинства и лидерства.

Суффикс -ов в фамилии стандартный для русского языка: он указывает на принадлежность («чей сын?» — Мардаханов). В тюркских языках, откуда имя пришло в русскую среду, суффикс мог быть -оглы (Мардахан-оглы), но при русификации его заменили на привычное -ов. Это говорит о том, что фамилия оформлялась уже в русскоязычной среде, скорее всего, в XIX — начале XX века, когда многие народы Кавказа и Поволжья получали фамилии по русскому образцу.

Географически фамилия Мардаханов — яркий маркер азербайджанского и дагестанского происхождения. В Азербайджане есть село Мардакян (с тем же корнем «мард»), однако связь с ним неочевидна. Гораздо вероятнее, что предок носителя фамилии был человеком, которого в тюркской среде так и звали — Мардахан. Среди кумыков, лезгин, азербайджанцев это имя встречалось, хоть и не было массовым. В дореволюционных записях Закавказья и Терской области фамилия фиксируется именно в среде мусульманского населения, часто среди торговцев и сельских старшин.

Словообразовательная модель здесь простая, но необычная: основа — полное имя (а не усечённое или с уменьшительным суффиксом, как Мардыш или Мардюк). Это значит, что фамилия не прошла через стадию бытового прозвища, а была образована напрямую от имени. Такое встречается реже, чем фамилии от уменьшительных форм, и говорит о том, что носитель имени Мардахан был, скорее всего, уважаемым человеком — возможно, старшим в роду или заметной фигурой в своей общине. Никакой другой, альтернативной версии (например, от названия профессии или места) для этой фамилии не существует — корень прозрачен и не даёт повода для споров.