Фамилия Мардахаев ведет начало от библейского имени Мордехай (древнееврейское Mordokhay). В русской традиции имя закрепилось в формах Мардахай и Мардохей — так звали одного из главных героев книги Есфирь, двоюродного брата царицы, спасшего еврейский народ от истребления. Фамилия образована по продуктивной модели: к основе Мардахай прибавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Мардахая). Это типичный патроним, какой складывался у многих народов Российской империи, включая горских и бухарских евреев, а также у народов Кавказа и Закавказья.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, распространенных в центральной России, Мардахаев встречается в основном в регионах, где исторически жили еврейские общины с особым укладом: в Дагестане, Азербайджане, Чечне. Среди горских евреев (татов) имя Мордехай было популярно, и фамилия Мардахаев — одна из характерных для этой группы. Встречается она и у евреев-ашкеназов, но реже. Вариант написания с «х» вместо «к» (Мардахаев, а не Мардакаев) объясняется передачей гортанного звука через букву «х» — это особенность тюркских и кавказских языков.

Суффикс -ев, а не -ов, прикреплен к основе, оканчивающейся на «ай»: в русской морфологии после мягких и шипящих, а также после «й» чаще пишут -ев, а не -ов. Так что Мардахаев — грамматически правильная форма для патронима от Мардахай. Встречаются и редкие варианты Мардохеев, Мардахаевский, но основная фамилия закрепилась именно в таком виде.

Что касается значения имени Мордехай, среди исследователей нет единого мнения. Наиболее распространенная версия связывает его с аккадским словом «мардук» — так звали верховное божество Вавилона. Другие возводят к древнееврейскому «мар драхим» («учитель путей») или к персидскому «мардаха» («мужчина»). В любом случае, в народной среде имя осмыслялось как благословенное, связанное с библейским героем, и фамилия Мардахаев не имела уничижительного или шутливого оттенка — напротив, она указывала на уважаемого предка.

В сословном отношении носители фамилии Мардахаев не принадлежали к дворянству: это фамилия простого люда, купцов, ремесленников, торговцев. В дореволюционных документах встречаются записи о Мардахаевых из Дербента, Нальчика, Грозного. После переписи 1897 года фамилия фиксируется в метрических книгах иудейских общин Кавказа. Сегодня Мардахаевы живут не только на Кавказе, но и в Москве, Израиле, США — фамилия разошлась вместе с волнами эмиграции.

Таким образом, фамилия Мардахаев — это патроним от библейского имени, закрепленный в среде горских евреев и соседних народов. Она несет в себе память о древнем имени, о кавказском регионе бытования и о скромном, но стойком сословии, сохранившем свою идентичность через фамильное предание.