Фамилия Мардухаева — твёрдый женский вариант, мужская форма — Мардухаев. При взгляде на неё первым делом бросается необычная основа: «мардух» не встречается ни в древнерусских именах, ни в распространённых прозвищах. Здесь явно восточный, скорее всего тюркский или иранский след.

Слово «мардуха» или «мардух» можно разобрать как сложение двух частей. В тюркских языках «мард» восходит к персидскому «mard» — «мужчина, человек», а «ух» или «ук» — распространённый уменьшительно-ласкательный суффикс. Получается что-то вроде «человечек», «мужчинка» — прозвище по внешности или характеру. Вторая версия: «мард» может быть искажением арабского «муршид» («наставник, проводник»), но для этого пришлось бы допустить сильное фонетическое сжатие, что менее вероятно.

Модель образования фамилии — классическая для тюркских народов, попавших в русскую паспортную систему. Суффикс -ев (после мягкого согласного «х») указывает на принадлежность: «сын Мардуха». Первоначально так называли человека по отцу: Мардухаев — «Мардухов сын». Позже фамилия закрепилась за родом.

Географически фамилия Мардухаева тяготеет к регионам, где смешивались тюркские и иранские языки: Дагестан, Чечня, Ингушетия, отчасти Азербайджан. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от прозвища конкретного человека в одном ауле или селе. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и ремесленниками, но точных данных об их социальном статусе нет.

Ошибочно было бы искать в этой фамилии славянские корни или связывать её с библейским Мардохеем — звуковое сходство есть, но исторические пути разные. Мардухаев — фамилия, которая сохранила память о прозвище, данном человеку за его мужские качества или, наоборот, с лёгкой иронией.