Фамилия Мордухаева образована от мужского личного имени Мордухай, которое в библейской традиции известно как Мардохей или Мордехай. Это имя носил один из персонажей книги Есфирь — родственник и воспитатель царицы, спасший еврейский народ от истребления. В русской среде имя закрепилось в просторечной форме Мордухай, от которой и пошла фамилия.

Основа фамилии — имя Мордухай, а суффикс -ев указывает на принадлежность: Мордухаев буквально значит «сын Мордухая» или «из рода Мордухая». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от канонических или народных форм личных имён. Женская форма Мордухаева — это та же фамилия, но в грамматическом роде, который в русской традиции закрепляется за женщинами.

По своему происхождению имя Мардохей восходит к имени вавилонского бога Мардука — в древности многие евреи, жившие в плену, носили имена, связанные с местными культами. Однако в народной этимологии имя часто переосмысляли, связывая его с еврейским словом «мордехай» — «воинственный» или «служитель Мардука». В любом случае, имя пришло в русский язык через церковнославянские и еврейские тексты, а фамилия закрепилась в среде еврейского населения Российской империи.

Носители фамилии Мордухаева встречаются преимущественно в регионах бывшей черты оседлости — на Украине, в Белоруссии, в Молдавии, а также в центральной России. После расселения еврейских общин в XIX–XX веках фамилия распространилась шире, и сегодня её можно встретить в разных городах. В дореволюционной России фамилии от имён давали не только дворянам, но и мещанам, купцам и ремесленникам, поэтому точное сословие предков определить сложно.

Отдельно стоит сказать о написании: в документах встречаются варианты Мордухаев, Мордухай, Мордухович, а также Мардохаев. Разнобой связан с тем, что имена и фамилии записывали чиновники на слух, а сам носитель мог не знать точного написания. Форма Мордухаева с суффиксом -ев — самая распространённая, она фиксируется в метрических книгах и ревизских сказках.

Если говорить о значении для современного носителя, то фамилия Мордухаева — это память о древнем имени, которое прошло путь от вавилонского божества до библейского героя и затем — до русской фамилии. Это редкий случай, когда в фамилии сохранилась не только семейная история, но и след древней культуры Востока.