Фамилия Мордух образована напрямую от мужского личного имени Мордух, которое в русской традиции известно также в формах Мардохей и Мордехай. Это библейское имя восходит к персонажу книги Есфирь — Мардохею, родственнику и воспитателю царицы. В древнееврейском оригинале имя звучит как Мордехай, и его этимология до сих пор вызывает споры: одни исследователи возводят его к имени вавилонского бога Мардука, другие видят в основе корень, связанный со словом «мар» — горький, или же с арамейским обозначением воина.

Сама фамилия Мордух — это пример редкой для русских фамилий модели, когда в основу ложится не полная форма имени, а его краткий, разговорный вариант. Обычно от канонических имен образовывали фамилии с суффиксами -ов, -ин или -ский: Мордухов, Мордухин, Мардохин. Здесь же фамилия совпадает с самим именем, без добавочного суффикса, что характерно для украинской, белорусской и отчасти еврейской традиции фамилиеобразования. В среде еврейского населения черты оседлости такие бессуффиксные фамилии фиксировались с конца XVIII — начала XIX века, когда имперские указы обязали евреев иметь наследственные фамилии. Однако носителями фамилии Мордух могли быть и русские, и украинцы: имя Мордух бытовало в простонародной среде как обиходная форма крестильного имени, и крестьянин или мещанин, которого в документах записали просто по имени, мог передать это прозвание детям.

Стоит оговориться: в некоторых случаях фамилию Мордух могли дать не по имени, а по прозвищу. В южнорусских говорах словом «мордух» иногда называли угрюмого, насупленного человека, от «морда» — лицо. Но эта версия менее вероятна: прозвищная основа дала бы скорее фамилию Мордухов или Мордухин, а чистая форма имени в роли фамилии почти всегда указывает на непосредственное имя предка. Поэтому основная и наиболее правдоподобная версия — происхождение от библейского Мордехая через краткую форму Мордух.

География фамилии широкая, но с явным центром тяжести на западе и юге бывшей Российской империи: Украина, Белоруссия, Молдавия, а также еврейские местечки. В послереволюционные годы фамилия разошлась по всему СССР и дальнему зарубежью вместе с миграциями. Известных носителей с громкой исторической славой мало, что типично для фамилии, закрепившейся в основном в мещанской и крестьянской среде. Склоняется фамилия по образцу существительных мужского рода: Мордух, Мордуха, Мордуху; у женщин не склоняется, если принадлежит женщине. Сегодня человек с фамилией Мордух почти наверняка может проследить свои корни к одному из двух пластов: еврейскому местечковому населению или восточнославянскому крестьянству, где имя Мордух воспринимали как простонародный вариант Мардохея.