Фамилия Мордуховская образована от мужского личного имени Мордух, которое в еврейской традиции восходит к имени вавилонского верховного божества Мардука. В переводе с одного из семитских языков оно означает «человек священной горы, обители богов». Имя попало в обиход через библейскую книгу Эсфирь, где фигурирует Мордехай — родственник и воспитатель царицы, что закрепило за именем устойчивую популярность среди еврейских общин.

Существует также традиция сближать имя Мордух с христианским именем Марк, хотя это скорее народная этимология, чем научный факт. Латинское Марк толкуют либо как «слабый, вялый», либо как «родившийся в марте», а по другим данным — «молоток». Но связь здесь только звуковая: имена живут в разных культурных пластах, и отождествлять их без оговорок не стоит.

Сама фамилия Мордуховская построена по модели, типичной для фамилий еврейского населения черты оседлости. Суффикс -ский и окончание -ая выдают в ней форму женского рода; мужской вариант — Мордуховский. Такие фамилии часто присваивали по имени отца или по названию местечка, чтобы подчеркнуть принадлежность человека к определённому месту или роду. Форма на -ский в еврейской среде нередко указывала на выходца из конкретного города или на потомка уважаемого раввина, хотя в каждом случае нужно проверять отдельно.

Процесс формирования фамилий у еврейского населения Российской империи шёл в основном в начале XIX века, когда администрация обязала всех иметь наследственные фамилии. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Мордуховских можно лишь на основании генеалогических исследований: без документов — метрических книг, ревизских сказок или списков призывников — здесь не обойтись. Однако само имя-основа указывает на глубокие корни: оно несёт память о древнем Востоке, о вавилонском пантеоне и о библейской истории, которая пережила тысячелетия.