Фамилия Мордухова — это женская форма, но в разговоре о происхождении обычно имеют в виду мужской вариант Мордухов. Основа здесь — имя Мордух, которое в старых документах встречается и как Мордух, и как Мардух. Это еврейское мужское имя, вариант имени Мардохей (библейский Мордехай). В просторечии имя сократили: отпал конечный слог, и осталось Мордух.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий: «чей?» — Мордухов, то есть сын или потомок человека по имени Мордух. Такая модель была самой распространённой при адаптации еврейских фамилий на территории Российской империи, особенно в черте оседлости. Фамилия Мордухов могла закрепиться за человеком, чьего отца звали Мордухом, или за ним самим, если он носил это имя как обиходное.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям — Беларуси, Украине, Польше, а также к югу России. Встречается и вариант написания Мордухова (ударение чаще на втором слоге), но он не меняет смысла.

Редкий момент: в некоторых говорах «мордухом» могли в шутку называть человека с крупным лицом или сварливого — от слова «морда». Но эта версия маловероятна для фамилии Мордухова, потому что имя Мордух задокументировано как личное, а прозвищная версия не имеет устойчивых подтверждений в ономастике. Надёжнее держаться библейского корня.