Фамилия Мордухай напрямую связана с древним библейским именем Мардохей (в еврейской традиции — Мордехай). В русской традиции закрепился вариант Мордухай, от которого и пошла фамилия. Это имя носил персонаж книги Есфирь, родственник и воспитатель царицы, спасший еврейский народ от истребления. Собственно, имя Мордехай, скорее всего, происходит от имени вавилонского бога Мардука — в персидскую эпоху это было распространённое имя среди евреев, живших в плену. Впоследствии имя переосмыслили как связанное с корнем «мар» — горький, или с арамейским словом «мордехай» — воинственный.

Фамилия Мордухай — редкий случай, когда фамилия не получила типичного русского суффикса -ов, -ев или -ин. Она закрепилась в форме чистой основы, без добавления патронимического окончания. Такое встречается у фамилий, которые фиксировали в документах как есть, без русификации, часто в среде еврейского населения черты оседлости, а также у выходцев из Персии и Месопотамии. Носители фамилии могли быть потомками тех, кого называли по имени отца или деда: Мордухай, сын такого-то. Со временем в метрических книгах и переписях форма закрепилась как самостоятельная фамилия.

Стоит упомянуть и о написании. Встречаются варианты Мардохай, Мардухай, Мордехай. Фамилия Мордухай — наиболее адаптированный к русской фонетике вариант, где безударное «о» звучит как «а», но на письме сохраняется «о». Это типично для фамилий, которые записывали со слов носителя, не сверяясь с оригиналом.

Поскольку фамилия не имеет суффикса, указывающего на принадлежность (чей сын), она могла принадлежать как человеку, который сам носил это имя, так и его потомкам. В среде ашкеназских евреев фамилии в таком виде часто давали коэнам или левитам, но для Мордухай нет устойчивой связи со священническим сословием. Скорее, это просто указание на личное имя предка, которое было популярно в диаспоре.

Если говорить о географии, фамилия Мордухай встречается в документах XIX века на территориях современных Украины, Беларуси и Молдовы, а также в общинах горских и бухарских евреев. У горских евреев имя Мордухай (Мардахай) тоже бытовало, и фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах. Это важно: не стоит искать единого «родового гнезда» — имя было распространённым, и фамилия появлялась в разных местах параллельно.

Русский суффикс -ай в основе может вводить в заблуждение: в некоторых славянских фамилиях он указывает на прозвище (например, Каратай, Молчай). Но здесь основа не славянская, а заимствованная, поэтому сравнивать с русскими моделями не стоит. Фамилия осталась почти в первозданном виде, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: если ваш предок носил фамилию Мордухай, это почти наверняка указывает на еврейские корни и на то, что в роду помнили имя конкретного человека, жившего несколько веков назад.