Фамилия Мордухаев напрямую связана с библейским именем Мардохей (в русской традиции также Мордехай). Это имя носил персонаж книги Есфирь — праведник и спаситель еврейского народа. Однако в фамилии закрепилась не каноническая, а народная, разговорная форма имени — Мордухай. Именно она стала основой для фамилии, что говорит о живом бытовании имени в среде предков, а не только в книжной традиции.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: к основе Мордухай добавили типичный русский патронимический суффикс -ев, который указывает на отчество. Таким образом, Мордухаев буквально означает «сын Мордухая». Суффикс -ев, а не -ов, используется потому, что основа имени заканчивается на мягкий согласный или на «й», что и определило написание.

Интересно, что само имя Мордехай, скорее всего, восходит к имени вавилонского бога Мардука. Это древнее теофорное имя, которое через еврейскую традицию попало в христианскую и стало использоваться у разных народов. В России такая форма имени встречалась преимущественно в еврейской среде, поэтому и фамилия Мордухаев исторически была распространена в тех регионах, где проживали еврейские общины — в черте оседлости, на Украине, в Белоруссии и в западных губерниях Российской империи.

Встречаются и варианты написания: Мордухаев, Мардохаев, Мордехаев. Разница в гласной в первом слоге отражает произносительные особенности разных диалектов и традиций чтения священных текстов. Самая частая и устойчивая форма в документах — именно Мордухаев, поскольку она соответствует просторечному произношению имени.

Отдельного упоминания заслуживает то, что фамилия не дворянская и не аристократическая. Она принадлежит к пласту фамилий, которые массово закреплялись за простыми людьми в XIX веке, когда государство активно вводило обязательные фамилии для всего населения. Поэтому предки Мордухаевых были, скорее всего, ремесленниками, торговцами или мелкими служащими, а само имя передавалось в семье как дань уважения к библейскому герою.