Фамилия Мардганеева — редкая и неочевидная с точки зрения русского уха. Её основа не имеет славянских корней, а само слово «мардган» или «мардгане» заставляет задуматься о тюркском или арабском происхождении. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «мардан» (мужественный, храбрый) или с арабским «мардан» (мужчины, воины), но с характерным переходом «д» в «дг» в диалектах. Суффикс «-еев» (женская форма «-еева») указывает на русскую адаптацию по модели отчества: первоначально фамилия звучала как Мардганеев, то есть «сын Мардганея». Само имя Мардганей могло быть прозвищем или личным именем, образованным от «мард» (человек, муж) и «ган» (кровь, род) — в некоторых тюркских языках это давало значение «человек рода» или «кровный мужчина».

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Северном Кавказе, особенно среди татар, башкир и ногайцев, где распространены фамилии с корнем «мард-». Однако написание с «г» вместо «к» (сравните с Марданов, Мардакаев) — отличительная черта: возможно, это результат записи арабской графики кириллицей, где буква «г» передавала гортанный звук. Вторая версия, менее правдоподобная, — связь с грузинским «мардгане» (порядок, строй), но суффикс «-еева» для грузинских фамилий нетипичен, и скорее всего, это позднее заимствование или ошибка фиксации.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству: суффикс «-еев» характерен для крестьянских и мещанских фамилий Поволжья, которые массово оформлялись в XVIII–XIX веках. Предки носителя фамилии могли быть ремесленниками, торговцами или воинами — в зависимости от региона. Например, у татар-мишарей Мардганеевы встречаются в документах переписи конца XIX века как жители сел Симбирской губернии.

Если отбросить гипотезу о грузинском корне, то фамилия Мардганеева — яркий пример того, как тюркское прозвище, обозначающее храброго или знатного человека, обросло русским суффиксом и стало фамилией. В современном русском языке она звучит необычно, но именно это делает её ценной для генеалогии: по ней можно проследить миграцию и межэтнические контакты.