Фамилия Мареков — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от полных христианских имён (Иванов, Петров), эта фамилия, скорее всего, восходит к прозвищу или неканоническому имени.

Самый прямой путь к разгадке — основа «Марек». В русской среде это могло быть уменьшительно-ласкательной формой от имён Марий, Марк или даже Матвей (через форму Матюха). Однако гораздо вероятнее, что корень фамилии — западнославянский. В польском и чешском языках имя Марек (Marek) — это полноценная форма, соответствующая русскому Марк. Если предок носителя фамилии был выходцем из Польши, Беларуси или Украины, его в документах могли записать как Марека, а его сыновья стали Марековыми. Суффикс -ов здесь работает по стандартной русской модели: «чей сын?» — Мареков.

Вторая, менее очевидная версия, отсылает к прозвищу «Марек». В некоторых северных и сибирских говорах «марек» или «мара» могло означать нечто тусклое, матовое, или относиться к мареву — горячему воздуху, искажающему видимость. Прозвище могли дать человеку необщительному, с «туманным» взглядом, или же тому, кто жил в низине, где часто стоит дымка. Слово это редкое, но в фамилиях часто сохраняются именно такие локальные диалектизмы, которые уже вышли из обихода.

Географически фамилия Мареков тяготеет к югу России и Поволжью, но встречается и в Сибири. Это может указывать на несколько независимых очагов возникновения: например, потомки переселенцев с запада в XVIII веке и крестьяне, получившие прозвище по местной особенности. Сословно — почти наверняка крестьянская или мещанская, так как дворянские фамилии с такой основой не фиксируются.

Примечательно, что фамилия не получила широкого распространения, в отличие от однокоренной Марков. Это говорит о том, что исходное имя или прозвище «Марек» не было массовым в центральной России. Фамилия сохранила ту самую редкую форму, которая и отличает её от более привычных вариантов.