Фамилия Марекина — женская форма фамилии Марекин, и её разговорный вариант с суффиксом -ин указывает на происхождение от личного имени или прозвища предка. Основа здесь — «Марека», которое само по себе не встречается в современных святцах, но является производным от крестильного имени Марей или Марк. В русской народной традиции имя Марк нередко переделывали в уменьшительно-ласкательные формы: Марей, Марея, а от них — Марека. Суффикс -к- в таких именах был типичен для обиходной речи (сравните: Ванька, Санька, Митька), так что Марека — это скорее всего «маленький Марк» или просторечное обращение к человеку по имени Марк.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Марека, данным человеку за манеру поведения или внешность. В южнорусских говорах слово «марать» означало «пачкать», а «марека» могло быть прозвищем неопрятного или, наоборот, слишком старательного человека, который «марает» бумагу или работу. Однако эта гипотеза слабее, так как фамилии на -ин обычно образуются от имён, а не от глагольных основ с таким суффиксом.

Географически фамилия Марекина встречается в основном в центральных и северных регионах России, где суффикс -ин преобладает над -ов. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян с фамилией Марекин в Вологодской и Костромской губерниях — там имя Марк было популярно среди старообрядцев. По сословному составу носители чаще всего были крестьянами или мещанами, реже — духовенством, так как имя Марк носили несколько святых, но в простонародье его давали реже, чем Ивана или Петра.

Однокоренные фамилии — Мареев, Маркин, Марецкий — различаются суффиксами и региональной привязкой. Марекина выделяется редкой моделью: если Маркин образовано напрямую от Марка, то Марекин — через промежуточную форму Марека, что говорит о более архаичном или диалектном произношении. Встречается и вариант написания с двойным «к» — Мареккин, но он единичен и, скорее всего, ошибка писаря.