Фамилия Марейкина — женская форма фамилии Марейкин. В основе её лежит имя или прозвище Марейка. Это уменьшительная форма от крестильного имени Марей, которое в свою очередь является народной, обиходной версией канонического имени Марий. Имя Марий в святцах встречается редко, оно имеет латинское происхождение и переводится как «принадлежащий Марию» (римскому родовому имени). Однако в русской традиции имя Марей могли давать и как производное от Матфей (через форму Матвей — Матрей — Марей), и от Марк, и даже от Марьян. Поэтому однозначно установить, от какого именно полного имени пошла фамилия, сложно — перед нами типичный случай народной переработки редкого календарного имени.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Марейкин буквально означает «сын Марейки». Такая модель образования — от усечённой или уменьшительной формы имени с притяжательным суффиксом — одна из самых древних и массовых в русской ономастике. Фамилии на -ин чаще всего закреплялись в северных и центральных губерниях России, в то время как на юге и востоке предпочитали суффикс -ов. Следовательно, предки носителей фамилии Марейкины с большой вероятностью жили в районах Новгорода, Пскова, Твери или Вологды — там, где притяжательные формы на -ин исторически преобладали.

Сама основа Марейка могла быть не только именем, но и прозвищем. В рязанских и тамбовских говорах «марейка» — это болотная птица, разновидность кулика. В таком случае фамилия образована не от христианского имени, а от прозвища, данного по внешнему сходству или по повадкам. Птичьи прозвища в крестьянской среде были обычны: так могли назвать человека с длинными ногами, суетливого или любящего бродить по болотистой местности. Эта версия не менее правдоподобна, чем именная, особенно если учесть, что фамилия редкая и не имеет массовых вариантов в дворянских родословных.

Склонение фамилии стандартное для женской формы: Марейкина, Марейкиной, Марейкину и так далее. Мужской вариант — Марейкин — склоняется как существительное второго склонения (Марейкина, Марейкину). Ударение, судя по говорам, падает на второй слог: Маре́йкина, хотя в некоторых семьях могли закрепить и на первый: Ма́рейкина. В письменных источниках фамилия встречается с конца XVIII века, в основном в метрических книгах северных уездов. Сословный состав носителей — почти исключительно крестьяне и мещане; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.