Фамилия Маргошен — редкая, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. В русской ономастике модель на -ен характерна для украинской и белорусской традиции: так образовывали фамилии от личных имён и прозвищ (например, Данилен, Павлен). Но здесь основа не Данило или Павло, а Маргош. Это уменьшительная форма от имени Маргарита (через Марго), распространённая в юго-западных русских землях и в Польше. Суффикс -ен, скорее всего, указывает на «сына Маргоша» — то есть фамилия патронимическая, но не по отцу, а по прозвищу или имени матери, что встречается реже.

Есть и другая версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Маргоша, которое давали человеку с польскими или еврейскими корнями. В польском языке «margosia» — ласковое обращение к Маргарите, а в еврейской среде Маргош — вариант имени Мордехай. В таком случае фамилия фиксирует не столько родство, сколько этническое или культурное происхождение предка.

Географически фамилия Маргошен встречается в основном на юге России, в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в Беларуси. Это подтверждает версию о западнорусском или украинском корне. В центральных и северных губерниях такая модель почти не встречалась.

Сословной привязки нет: носителями могли быть и крестьяне, и мещане. Суффикс -ен не указывает на дворянство или духовенство — это просто бытовая форма, характерная для простонародья. В документах XIX века фамилию могли записать и как Маргошен, и как Маргошин — путаница из-за схожести суффиксов, но именно вариант с -ен сохранил исходную модель.

Таким образом, предки современного носителя фамилии Маргошен, скорее всего, жили на западе или юге Российской империи, а их фамилия пошла от уменьшительного имени или прозвища Маргоша — либо от Маргариты, либо от Мордехая. Точнее сказать без генеалогического исследования нельзя, но направление поиска ясно.