Фамилия Маргулец — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а еврейское женское имя, и суффикс указывает не на отчество, а на происхождение. В отличие от привычных русских фамилий на -ов/-ев или -ин, окончание -ец здесь — признак западнославянского или, что вероятнее, еврейского ашкеназского влияния. В польском и украинском языках суффикс -ец (-iec) часто образовывал фамилии от названий мест или профессий, но в случае с Маргулец он работает иначе.

Основа фамилии — женское имя Маргула, диалектная форма еврейского имени Маргалит (от ивритского маргалит — «жемчуг»). В среде ашкеназских евреев Восточной Европы такие уменьшительные формы на -ула были распространены: от Маргалит получалось Маргула, а от неё — фамилия Маргулец, то есть «сын (или потомок) Маргулы». По сути, это матроним — фамилия, образованная от имени матери, что для еврейской ономастики XIX века было обычным делом, особенно в семьях, где женщина была главой или имела особый статус.

Географически фамилия тяготеет к территории бывшей Речи Посполитой — современной Беларуси, Украины и восточной Польши. В метрических книгах и переписях XIX века Маргульцы встречаются в Волынской, Киевской и Подольской губерниях. Написание с «ц» на конце (Маргулец, а не Маргульц) — результат адаптации к славянской графике: в польском языке мягкая «л» передавалась бы как Маргулец, но в русском чтении звук «ц» остался твёрдым.

Иногда фамилию пытаются возвести к славянскому корню «марг» (пятно, грязь, граница) или к немецкому Margul (маргаритка), но эти версии слабы. Первая не объясняет суффикс -ец, вторая — редкое ударение на первый слог (Мáргулец, а не Маргýлец). В пользу еврейского происхождения говорит и то, что в дореволюционных документах носители Маргулец почти всегда фигурируют как иудеи.

Словообразовательная модель проста: основа Маргул- + суффикс -ец. Суффикс здесь не уменьшительный, как в русском «братец», а патронимический/матронимический, свойственный еврейским фамилиям на -ец: Абрамец, Ицкец, Хаец. Это сближает Маргулец с большой группой фамилий, образованных от личных имён без дополнительных русских суффиксов.

Сегодня фамилия встречается редко — в основном в Беларуси, на Украине и в Израиле, а также в русскоязычной диаспоре. В России её можно найти среди потомков переселенцев конца XIX — начала XX века из черты оседлости.