Фамилия Маркайтис — литовская по происхождению, что сразу заметно по её окончанию. Суффикс -айтис (-aitis) — один из самых распространённых в литовской антропонимии, он указывает на сына или потомка: Маркайтис буквально значит «сын Маркаса» или «потомок Маркаса». Имя Маркас — литовская форма христианского имени Марк, которое восходит к латинскому Marcus (возможно, от имени бога Марса или от слова «молот»). Таким образом, фамилия относится к патронимическому типу: предка звали Маркас, а его детей или внуков окружающие называли Маркайтисами.

В литовской системе фамилий суффикс -айтис (а также -утис, -яйтис, -енас) характерен для крестьянских родов, особенно на востоке и в центральной части Литвы (Жемайтия, Аукштайтия). В отличие от дворянских фамилий на -ич или польских на -ский, такие окончания маркировали простых людей — хозяев усадеб, ремесленников, батраков. Поэтому носители фамилии Маркайтис, скорее всего, происходят из среды литовских крестьян или мелких землевладельцев, которые не принадлежали к шляхте.

Встречается фамилия и в Латвии, но там она часто писалась как Markaitis или Markaits — латышская письменность упрощала литовские окончания. В России и Беларуси фамилию могли записывать на слух: Маркайтис, Маркайтыс, а иногда и Маркайт — без последнего слога, если документ оформлял русский чиновник. В польских метриках XIX века можно встретить вариант Markajtis — с буквой j, передающей мягкость.

Интересная деталь: в Литве существует фамилия Маркаускас (Markauskas), образованная от того же имени Маркас, но с другим суффиксом (-auskas). Маркайтис — более архаичная форма, характерная для старых родовых гнёзд, тогда как Маркаускас — результат более поздней полонизации или русификации окончания. Если в роду есть старожилы, они могут помнить, что их предков называли именно «Маркайтисы», а не «Маркаускасы».

Сегодня фамилия Маркайтис — нечастый гость в современных телефонных справочниках. По данным переписи населения Литвы 2021 года, её носит около 800 человек, сосредоточенных в основном в Каунасском и Шяуляйском уездах. За пределами Литвы — в США, Канаде, Австралии — фамилия встречается в среде литовских эмигрантов второй и третьей волны.