Фамилия Мархонова — женская форма фамилии Мархонов. В основе лежит, скорее всего, прозвище или мирское имя Мархон. Разберёмся, что оно могло означать.

Самый прямой путь — к тюркскому корню. В тюркских языках слово «мархун» или «мархон» означает «умерший», «покойник». Такое прозвище в древности могли дать ребёнку в семье, где дети часто умирали. Считалось, что «плохое», отпугивающее имя (апотропей) обманет злых духов и защитит младенца. Это распространённая практика у многих народов, в том числе у татар, башкир и других тюркоязычных групп, живших на границе с русскими землями. Версия правдоподобна ещё и потому, что фамилии с суффиксом -ов(-а) часто возникали в среде крещёных татар и выходцев из Золотой Орды.

Вторая версия — от православного имени Марк через его уменьшительную форму. Имя Марк в народе переделывали в Марко, Маркуша, Мархоня. Мархоня — ласковое обращение к Марку, от него и пошло отчество Мархонович, а затем фамилия Мархонов. Суффикс -он в данном случае уменьшительно-ласкательный, как в именах Антон (от Антоний) или Матвеён (от Матвей). Эта версия тоже весома, особенно если фамилия встречается в центральных русских областях, где имя Марк было обычным.

Географически фамилия Мархоновы чаще всего встречается в Поволжье, особенно в Чувашии и Татарстане, а также в Ульяновской и Самарской областях. Это косвенно подтверждает первую, тюркскую версию. Встречается она и в южных регионах России, но реже.

Словообразовательная модель проста: основа Мархон + типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Мархонов сын). Женская форма Мархонова — грамматическое изменение по роду, без изменения смысла. Никаких редких суффиксов вроде -их или -ский тут нет, фамилия образована по самому массовому и понятному принципу.

Таким образом, предки носительницы фамилии Мархонова могли быть либо крещёными татарами (или чувашами), носившими охранительное имя Мархон, либо русскими крестьянами, чьего предка ласково звали Мархоня, то есть Марк. Точнее определить без генеалогического исследования невозможно, но обе версии имеют под собой реальную историческую и языковую основу.