Фамилия Мархонов — пример относительно редкой модели, где за основу взято не полное крестильное имя, а его разговорная или иноязычная форма. В подавляющем большинстве случаев её следует выводить из канонического имени Марк. Уменьшительно-ласкательные варианты этого имени в русской народной традиции давали целый ряд фамилий: Марков (самый частый), Маркин, Марковцев, а также Мархонов. Форма «Мархон» возникла путём присоединения суффикса -хон (ср. Стехон от Степан, Махон от Матвей), который в XVI–XVII веках был распространён в северных и центральных говорах. Таким образом, Мархон — это «маленький Марк», а Мархонов — «сын Мархона», то есть потомок человека, которого в быту звали Мархон.

Менее вероятная, но возможная версия отсылает к диалектному слову «марха» или «мархоня» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли неопрятного, нерасторопного человека, а также того, кто любит прихорашиваться (с оттенком насмешки). В этом случае фамилия образована от прозвища, данного по внешности или поведению. Однако эта гипотеза слабее: прозвище Мархоня встречается в источниках реже, чем имя Мархон, а география фамилии (она фиксируется у русских, белорусов и украинцев) совпадает с ареалом бытования уменьшительных форм на -хон.

С точки зрения словообразования фамилия типична для восточнославянского ареала: суффикс -ов указывает на принадлежность (чей сын). Ударение в современном бытовании чаще падает на второй слог: Мархо́нов, хотя в говорах могло быть и Мархонов. Фамилия не принадлежала к дворянским: её носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами из регионов, где имя Марк было популярно — например, в южнорусских губерниях, в Белоруссии и на Слобожанщине. Встречаются также варианты написания Мархоннов (с удвоенной «н»), но это более поздняя канцелярская ошибка, не меняющая этимологии.

Итак, если вы Мархонов, ваши предки с высокой вероятностью носили имя Марк, а фамилия закрепилась за ними через ласкательное обращение в семье. Это редкая, но прозрачная по смыслу фамилия, сохранившая живую народную форму древнего христианского имени.