Фамилия Мархонько — яркий представитель украинской модели фамилий с суффиксом -енко, который в народном произношении часто редуцировался до -онько. В основе лежит имя Мархо, которое не является самостоятельным, а представляет собой сокращённую форму от канонического имени Марк или Маркел. В украинской традиции усечение имени до двух слогов с добавлением -о (Марко, Петро, Павло) было нормой, а суффикс -енко указывал на «малого», то есть сына: Мархонько — «сын Марха» или «потомок Марка».

Интересна фонетическая особенность: переход «к» в «х» (Марко → Мархо). Это типично для юго-западных говоров Украины, особенно для Подолья и Волыни, где смягчение или оглушение согласных в бытовой речи — не редкость. Таким образом, фамилия Мархонько географически привязана к этим регионам, а не к востоку или югу Украины, где форма звучала бы как Марченко.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с польским словом «marcha» (поход, марш) или немецким «March» (граница, марка). В этом случае прозвище Мархо могли дать человеку, участвовавшему в военных походах или жившему на пограничной территории. Однако для украинской ономастики такая гипотеза слаба: суффикс -онько чётко указывает на патронимическую модель, а не на прозвищную. Скорее всего, предок носителя фамилии был простым крестьянином или ремесленником, чьё имя в быту звучало как Мархо, а его дети стали Мархоньками.

В современных базах фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. В России и Беларуси она почти не фиксируется, а на Украине сосредоточена в Винницкой и Хмельницкой областях. Это не фамилия дворянского происхождения — суффикс -енко в XVII-XVIII веках был маркером казацкого или крестьянского сословия, а не шляхты.